因为MES系统是信息集成的系统，所以必须进行全系统集成的测试。相关的部门都应该参与其中，只有这样才能有效的理解MES系统中各个数据、流程和功能之间的相互集成关系，找出错误与不足提出解决方案。

测试时，企业应用典型数据对MES软件进行测试，在网络准备完备的情况下准备好基础数据，将MES系统安装到车间或者分厂和相关的业务部门中对MES软件的功能进行一系列原型测试。

在正式实施MES并在生产过程中完全启用MES开关之前，应进行两种类型的验收测试：工厂验收测试(FAT)和系统验收测试(SAT)。大多数人(包括供应商和系统集成商)都强烈建议同时执行这两个测试过程。

FAT和SAT之间的主要区别在于FAT是通过模拟或测试数据执行的。他在您准备上线时就已经完成了SAT，并且正在使用实际接口在实际生产环境中运行测试，这应该测试从控制到MES的所有集成点。

FAT和SAT流程的关键交付成果是完成预先批准的测试计划，其中包括假设情景和回归测试，以及根据每个用户需求规范的测试功能。 

关于用户需求规范，需求可追溯性矩阵对于确认与用户需求相关的功能是否最终经过测试和部署非常有用。系统集成商对FAT和SAT过程的正确安排将加快系统问题的发现，并确认已实施的MES软件的可用性。一旦FAT和SAT流程完成，建议在该站点与MES一起运行后，应进行整体绩效评估和分析，以确保系统和员工文化整体运作在最初设想的水平上。

许多情况下，安装了新的应用程序和流程，但工厂运营仍然保留着旧的Excel工作表程序。为了解决这个问题，建议使用强大的在线或纸质用户手册，或者嵌入系统中的大量帮助文件，并进行深入培训，以帮助使用新系统。